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1995年3月1日內政部消防署成立，至此差人機關、消防機關分立內政部警政。2000年1月28日海岸巡防署成立，納併原由差人機關執行之海洋巡防及海岸平安檢查等業務。2007年1月2日內政部入出國及移民署成立，台東民宿將移民業務移撥分出差人機關。2013年8月21日睡蓮和蓮花，制定《內政部警政署組織法》，新組織架構於2014年1月實施。

近代差人始於二十七年（1901年）裁汰綠營，改練「巡警營」。光緒三十一年（1905年）09月，正式創設「巡警部」；次年蓮花圖畫，改巡警部為「民政部警政司」，從管全國差人事宜。光緒三十三年，又於各省增設「巡警道」，負責各省的警政1。

警政署署址原為臺灣日治時期樺山小學校所正在地，1945年校舍建築轉為臺灣省警務處領受利用，1972年警政署也開始正在此辦公。

1911年中華民國成立後，民政部警政司改為「內務部警政司」統轄全國差人事務。1927年，國民建都，改內務部為內政部，仍設「內政部警政司」。抗戰勝利後署花蓮管轄區，1946年8月15日將內政部原有之警政司擴充，改組為「內政部差人總署」。至1949年4月，地方南遷，厲行機構緊縮，又將差人總署縮編為「內政部警政司」，爾後隨地方各機關遷往臺北；至1972年7月15日始復編為「內政部警政署」，並與2，至1995年3月署處分隸。1999年7月1日實施精省，警政署領受臺灣省警務處升格的「臺灣省警政廳」之人員與業務。

）為中華民國有關差人事務的最高從管機關，隸屬於內政部，負責全國所有差人行政、人事、教育等各項業務之管轄，下轄各種差人組織，並指揮監督各曲轄市縣市差人局。