該寺簡稱高雄寺。建立于1949年1月,由人台穆斯林軍政人員籌資典租高雄市五福117號樓一幢,建建面積27(平方米,爲姑且清線號一座日式木布局建建內,占地面積約0.7畝,從體建建禮拜大殿135平方米。跟著穆斯林禮拜人數的增加,于1980年4月籌資購地沈建。1988年10月將舊寺地盤售出,所得做爲沈建新奪經費。1990年12月動工,1992年4月落成、新奪位于本雅區建軍,占地面積毛畝,整個爲鋼筋水泥3層樓房建建,還有地下一層。地上一樓爲穆斯林核心,二樓爲禮拜大殿和阿拉伯語、教義補習班,花蓮民宿三樓爲穆斯林婦女禮拜殿和穆斯林孤寡白叟安居室。另設教長室,辦公室、高朋室、藏書樓、洗澡室、殡儀室、廚房、教室等。
該寺以董事會制辦理教務和寺務,按期改選,現爲第15屆清耳目,董事長朱雲峰,現任教長陳永武,穆斯林高參謀定中明、雄清實寺海維諒;董事會除擔任教務、寺務外,還辦理兩座穆斯林公墓和穆斯林食物、肉類供應處,以及周邊地域的“伊斯蘭社區”扶植。